Ačkoli sám důvod odstoupení nesdělil, stojí za jeho odchodem pravděpodobně vyšetřování velkého vojenského skandálu, který se týká podílu armádních důstojníků na vraždách civilistů během akcí proti levicovým povstalcům.
Podle organizací na ochranu lidských práv zemřelo během uplynulých let v boji proti povstalcům mnoho civilistů, jež důstojníci údajně vydávali za zabité povstalce.
V souvislosti s vyšetřováním sesadil minulý týden kolumbijský prezident Álvaro Uribe z funkcí 27 armádních důstojníků, včetně tří generálů a 11 plukovníků. Montoya svou rezignaci přímo s vyšetřováním nespojil. OSN označila vraždy za rozsáhlé a systematické.
