Za pár let se ale Darwinova evoluční teorie stala základem bádání biologů, genetiků, sociologů i filozofů a dnes je přijímána širokou vědeckou obcí. Už ani církev k ní nepřistupuje tak nesmiřitelně, předchozí papež Jan Pavel II. dokonce prohlásil, že je to "víc než hypotéza".

"Jsem přesvědčen, že zvířata se vyvinula maximálně ze čtyř či pěti společných předků a rostliny z téhož, či menšího počtu," napsal Darwin v knize O vzniku druhů přirozeným výběrem, aneb zachování zvýhodněných ras v boji o přežití. Tento britský přírodovědec nebyl první, kdo se odvážil tvrdit, že rostlinné a živočišné druhy vznikají postupným vývojem, ale právě on dokázal evoluční mechanismus na základě četných dokladů vysvětlit.

Výhradně Darwinovým objevem je takzvaný přirozený výběr, tedy rozdílné přežívání a reprodukce jedinců se zvýhodňujícími vlastnostmi. Vycházel z toho, že se v přírodě mezi jedinci téhož druhu vyskytují spontánně různé odchylky. A jelikož se rodí více jedinců, než může přežít, převládnou v populaci postupně jedinci s tou odchylkou, která jim dává nejlepší konkurenční výhodu pro přežití a rozmnožování. Tak se postupně, generaci od generace, mění průměrné vlastnosti (genetická výbava) určité skupiny organismů, až se vyvine z jednoho druhu druh nový.

Ve své nejslavnější knize se Darwin (1809-1882) nezmínil o vzniku žádného konkrétního druhu, nicméně jeho větu "mnoho světla bude vneseno do původu člověka" si mnozí vyložili jednoznačně: člověk pochází z opice. Následovaly diskuse a kritiky, včetně slavné Darwinovy karikatury s opičím tělem. Darwin se debatám dlouho vyhýbal (měl dlouhodobě podlomené zdraví), až v roce 1871 vydal spis Původ člověka a pohlavní výběr, v němž připustil vznik člověka a opic ze společného předka. Druhovou příbuznost lidí a zvířat popsal také ve spisu Vyjadřování emocí u člověka a u zvířat, jenž vyšel v roce 1872.

Svou evoluční teorii začal Darwin formulovat během plavby na lodi Beagle, která v letech 1831 až 1836 mapovala pobřeží jižní Ameriky a Austrálie. Klíčový byl pro něj pobyt na ekvádorském souostroví Galapágy, kde ho zaujal zejména tucet druhů ptáků pěnkavovitých, kteří se lišili výrazně jen tvarem a velikostí zobáku. Darwin a po něm i další vědci usoudili, že tito ptáci (dnes nazývaní "Darwinovy pěnkavy") se vyvinuli ze společného předka adaptací na potřebu získávat potravy z různých zdrojů.

Darwin na své teorii pracoval přes 20 let, protože se snažil o co nejobecnější platnost. A možná by ji za života ani nepublikoval nebýt Alfreda Russela Wallace. Tento britský přírodovědec totiž v roce 1858 požádal staršího kolegu o posouzení svých poznatků. "Pan Wallace, který nyní studuje přírodu na Malajském souostroví, došel téměř k týmž závěrům jako já," přiznal Darwin gentlemansky ve svém nejslavnějším díle.

Oba vědci proto v létě 1858 sepsali výtah ze svého díla a společně ho zaslali londýnské Linnéově společnosti, kde byly tyto dopisy na shromáždění vědců 1. července 1858 přečteny. Ani Wallace ani Darwin, jemuž tři dny předtím zemřelo dítě, se prezentace neúčastnili. Wallace nakonec přiznal prioritu svému známějšímu kolegovi, jenž teorii publikoval v listopadu 1859.