Ve druhém, rozhodujícím kole hlasování se 30. března utká s místopředsedou Evropské komise Marošem Šefčovičem, jenž v prvním kole získal 18,66 procenta a jehož podporuje vládní strana Směr − sociální demokracie expremiéra Roberta Fica. Čaputové k volebnímu úspěchu v prvním kole poblahopřál úřadující slovenský prezident Andrej Kiska, který už podruhé nekandidoval a který před volbami podpořil právě Čaputovou. Český ministr zahraničí Tomáš Petříček uvedl, že do finále volby slovenského prezidenta postoupili kandidáti, u nichž je záruka, že budou bojovat proti extremismu a nenávisti.